1、处理剂量
作为消毒的处理剂量，包括两个因素，一是强度，二是时间。在热力消毒中，强度是指温度；在化学消毒中，强度是指药物浓度；在紫外线消毒中，强度是指辐射强度。时间，是指所使用的处理方法对微生物的作用时间。一般来说，强调越高，微生物就越容易死亡；时间越长，微生物遭到杀灭的机率也越大。
2、微生物的污染程度
微生物污染程度越严重，消毒就越困难。原因是：1、作用时间延长；2、消耗药物增加；3、微生物彼此重叠，加强了机械保护作用；4、耐力强的个体随之增多。
3、温度与湿度
消毒毛巾洗涤设备除热力消毒完全依靠温度来杀灭微生物外，其他各种消毒方法均不同程度受温度变化的影响。一般来说，无论在物理或化学消毒中温度越高效果越好，但也有少数例外，如电离辐射灭菌，较高温度有时反而可加强细菌芽孢的耐受力。空气中的相对湿度对熏蒸消毒影响明显。使用环氧乙烷或甲醛消毒都是一个最合适相对湿度。湿度过高或过低，都会降低消毒效果。如用过氧乙酸熏蒸消毒，相对湿度在40%-80%时，可有较明显的杀菌作用，其中以80%为最好。直接喷洒或干粉处理地面时，就需要有较高的湿度，才能使药物潮解并充分发挥作用；而紫外线照射，相对湿度增高时，影响其穿透能力。
在消毒毛巾洗涤设备消毒过程中，被消毒的微生物常与其他很多物质混在一起，这些物质往往影响消毒效果。在消毒毛巾洗涤设备化学消毒中有机物本身可通过化学反应消耗一部分消毒剂。此外，对于消毒毛巾洗涤设备的化学消毒剂，还有其他具抗物质。